关于治疗新冠肺炎的药物，科学家还在寻找之中，对目前仍在使用的一些药物，疗效如何，也一直存在争议。
比如羟氯喹或氯喹，一度被推荐并广泛在全球使用，但治疗效果到底如何，却看法不一。
5月29日，医学学术刊物《柳叶刀》刊发临床试验数据论文“HydroxychloroquineorchloroquinewithorwithoutamacrolidefortreatmentofCOVID-19:amultinationalregistryanalysis”（含或不含大环内酯的羟氯喹或氯喹治疗COVID-19的跨国试验分析）。研究结果显示，羟氯喹/氯喹单药或与大环内酯联用，对新冠肺炎住院患者无益处，反而增加了院内死亡和室性心律失常的风险，其死亡较对照组高33%。
这是一项回顾性观察研究，名新冠住院患者来自6大洲家医院。研究团队是来自美国和瑞士的四名医学教授。
此研究论文首发时间是5月22日，经同行审议后修改了相关数据，后又于5月29日正式刊发。
这一结果无疑对公共卫生实践和研究产生了重大影响。
日内瓦时间5月25日，世界卫生组织（WHO）宣布，暂时中止羟氯喹在全球团结试验中的使用，专家将审查迄今为止的试验数据，以评估羟氯喹的潜在益处和危害。
WHO首席科学家苏玛斯瓦米纳坦表示，这一决定正是基于《柳叶刀》杂志上的这篇论文。
紧接着，英国药监监管机构要求暂停所有羟氯喹使用的志愿者招募以及在治疗和预防领域进行试验；法国也更改了针对羟氯喹在新冠肺炎治疗中的使用，并终止了试验。
但这一结果也引发业内专家的不同意见，全球一百多名科学家对这个研究发出了质疑。
5月28日，这些科学家联名发布了致研究者和柳叶刀的一封公开信《AnopenlettertoMehraetalandTheLancet》，对研究的统计分析和数据完整性等提出了10个质疑，包括使用的羟氯喹日平均剂量高于美国FDA（食品药品监督管理局）的推荐剂量；研究中澳大利亚的患者数据与澳大利亚政府公布的数据不一致等，以及要求研究小组公开原始数据。
此外，5月28日，中国学者单鸿、钟南山等人在《国家科学评论》杂志在线发表题为“PreliminaryevidencefromamulticenterprospectiveobservationalstudyofthesafetyandefficacyofchloroquineforthetreatmentofCOVID-19”的研究论文，这项研究又为羟氯喹/氯喹在新冠肺炎患者治疗中的安全性和有效性提供了证据，并表明羟氯喹/氯喹可以作为对抗新冠肺炎大流行的经济有效疗法。
上海医疗救治专家组成员、医院感染病科主任胡必杰教授对第一财经记者表示：“上海最早应用于临床的羟氯喹，如果早期单独使用，即不与阿奇霉素联合使用，非大剂量即每天mg，在降低新冠病死率方面，效果不输瑞德西韦。”
胡必杰还强调，使用羟氯喹的两个前提，一是常规剂量而不是大剂量，二是轻中度的早期病人而不是重症晚期病人。
氯喹是一种抗疟疾药物，其类似物羟氯喹用于治疗自身免疫性疾病，包括狼疮和关节炎。两种药物在针对这些特定疾病的治疗中均具有良好的安全性。
但是中国药科大学产业教授、南京济群医药科技股份有限公司董事长李战对第一财经表示：“磷酸氯喹是治疗疟疾的一种老药，它具有明显加大心率失常的风险也是已知定论。”
之前，因为羟氯喹/氯喹被证明在实验室测试中具有抗病毒作用，因此作为新冠肺炎病毒的潜在治疗方法受到