糖酵解在整体代谢网络中处于核心位置，通过底物、产物和中间物与其它代谢途径相联系。糖酵解的第一个中间代谢物6-磷酸葡萄糖就是一个重要的节点分子，连接着磷酸戊糖途径和糖原代谢，是三大代谢中间物之一。
葡糖糖-6-磷酸和丙酮酸连接多条代谢途其它代谢中间物如3-磷酸甘油醛和磷酸二羟丙酮等也都与其它途径相连。单糖的降解一般都是转化为酵解中间物，然后进入酵解过程。比如甘露糖可以被己糖激酶催化生成6-磷酸甘露糖，然后由磷酸甘露糖异构酶催化生成6-磷酸果糖，进入酵解。
脂肪组织中的果糖被己糖激酶催化形成6-磷酸果糖而进入酵解。而肝脏中的果糖先由果糖激酶催化生成1-磷酸果糖，再被1-磷酸果糖醛缩酶裂解生成3-磷酸甘油醛和磷酸二羟丙酮进入酵解。
糖酵解的终产物是丙酮酸和NADH，二者可以继续氧化放出能量，也可以有其它去向。
NADH是还原辅酶，必须重新氧化成NAD+才能参与下一个甘油醛-3-磷酸的氧化。还原辅酶的再生可以采用不同的电子受体（氧化剂）。如果把NADH运载的电子传递到氧，可以放出大量能量，从能源角度来看是最佳选择。不过这个氧化过程很容易产生有害的中间物，必需谨慎处理。需氧生物的一般做法是把这个危险的工作交给具有双层膜的线粒体。
NADH不能自由进入线粒体，只能通过专门的穿梭系统“携带”进去。简单地说，就是先在细胞质中还原某个小分子，还原产物进入线粒体后再氧化，生成还原辅酶。氧化产物则回到细胞质，携带下一个还原当量。
苹果酸穿梭系统，引自百度图片在肝脏和心肌等组织中起作用的是苹果酸穿梭系统，细胞质中的NADH在苹果酸脱氢酶作用下还原草酰乙酸，生成苹果酸，进入线粒体后再氧化生成草酰乙酸。不过草酰乙酸不能通过线粒体膜，必需经谷草转氨酶催化生成天冬氨酸和α-酮戊二酸才能返回细胞质。这样1分子葡萄糖可以产生7个ATP。
在骨骼肌和脑组织中是甘油磷酸穿梭系统，在细胞质中NADH由3-磷酸甘油脱氢酶催化，将磷酸二羟丙酮还原生成3-磷酸甘油，进入线粒体后再氧化生成磷酸二羟丙酮，返回细胞质。但是线粒体中磷酸甘油脱氢酶的辅酶是FAD，所以NADH穿梭后变成了FADH2，只产生1.5个ATP。这样1分子葡萄糖就只有5个ATP。
甘油磷酸穿梭系统，引自百度百科NADH穿梭进入线粒体，通过氧化磷酸化再生可以放出大量能量，但速度比较慢，所以急需酵解提供能量时就在细胞质中用有机物作电子受体（发酵）。人体中用NADH还原丙酮酸，即乳酸发酵；酵母菌则采用乙醇发酵，等等。乳酸发酵时1分子葡萄糖就只产生底物水平磷酸化的2个ATP。
乳酸发酵看起来非常浪费，但它一方面可以迅速提供能量，另一方面那些能量也并不是完全浪费。骨骼肌产生的大量乳酸会通过血液运输到肝脏，在肝脏氧化生成丙酮酸，再通过糖的异生转变为葡萄糖，然后运回骨骼肌循环利用，称为乳酸循环或科里循环（Coricycle）。
科里循环，引自百度图片丙酮酸是三大代谢中间物之一，有多种去向。如果机体缺乏氨基酸，丙酮酸可以用来合成丙氨酸等。如果机体需要能量，丙酮酸就进入线粒体，经丙酮酸脱氢酶复合体氧化脱酸，生成乙酰辅酶A。这是一个单向过程，一旦脱酸，就不可逆转。
在动物体内，三碳与六碳没有本质区别，但三碳与二碳片段却有本质不同。二碳片段只能用于合成脂类，却不能生成糖类或氨基酸。植物和微生物具有乙醛酸循环，可以用乙酰辅酶A合成糖类，所以植物可以在种子中储存大量油脂，在发芽时转化为糖或氨基酸。而人类，只能减肥。