碱性磷酸酶是广泛分布于人体肝脏、骨骼、肠、肾和胎盘等组织经肝脏向胆外排出的一种酶，是免疫诊断试剂中常用的生物标志物，也是重要的治疗靶点。检测碱性磷酸酶可用于肝脏功能异常，骨质疏松和糖尿病等疾病的诊断。常见的碱性磷酸酶底物有PNPP、BCIP/NBT组合。
PNPP：中文名称为对硝基苯磷酸二钠，广泛用作ELisa检测碱性磷酸酶的底物。原理是，碱性溶液中无色的对硝基苯磷酸二钠（PNPP）可被碱性磷酸酶催化分解出磷酸酰基，磷酸酰基与受体物结合，生成游离的对硝基苯酚，对硝基苯酚在碱性溶液中转变为醌式结构，呈现较深的黄色，即水溶性黄色产物。在波长nm处检测吸光度增高速率，则可检测碱性磷酸酶。
对硝基苯磷酸二钠（PNPP）还用于农药残留检测、古文物胶原蛋白检测等，也是医药、农药合成领域的重要化工中间体。
BCIP/NBT：是碱性磷酸酶的发光底物组合，其原理是在碱性磷酸酯酶的催化下，BCIP会被水解产生强反应性的产物，该产物会和NBT发生反应，形成不溶性的深蓝色至蓝紫色的产物，具有强特征性，易于捕捉分析，从而达到标记作用。
BCIP又称对甲苯氨蓝，除作为碱性磷酸酶化学组织底物应用于生化研究、医药领域外，还用于食品安全检测中。
NBT，即氯化硝基四氮唑蓝，在免疫印迹实验中检测碱性磷酸酶底物是其最常见的应用。此外，氯化硝基四氮唑兰（NBT）还作为脱氢酶和其它过氧化酶的底物，用于测定葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶等。