一、选用抗（耐）病虫品种。外引棉花品种造成棉花大面积发病。这是造成枯黄萎病大面积发生的主要原因。一些棉花品种未在本地试种，直接大面积推广而造成棉田大面积发病。一方面是外引棉花品种抗病耐病性差所致；另一方面外引的棉花品种抗耐枯黄萎病生理小种不同，而本地为强致病性枯黄萎病病种。
二、种子处理。在常规药剂包衣处理的基础上，使用枯草芽孢杆菌、氨基寡糖素或芸苔素内酯等植物免疫诱抗剂和植调剂进行种子处理，促根壮苗,提高棉苗的抗逆能力。
三、遇低温阴雨天气时，选用枯草芽孢杆菌、多抗霉素、咪鲜胺、噁霉灵等药剂叶面喷施预防苗病。同时选择喷施氨基寡糖素、赤·吲乙·芸苔或芸苔素内酯等植物调节剂，促苗壮长。
四、增施腐熟的有机肥和生物肥，合理增施磷、钾肥，补充微肥。中等以上病田，发病前或初见病株时选用枯草芽孢杆菌等药剂，叶面喷施或滴施灌根，连续用药2～3次，间隔10天，预防和控制病害。拔除田间重病株并带出田外集中销毁。
偏施化肥严重，有机质缺失，也会诱发棉花枯黄病发病。有机质多的棉田，棉花枯黄萎病相对发病轻。长期大量施入化肥特别是氮肥使用过多导致土壤的有机质减少、土壤微生物生态遭受破坏。农药和化肥等化学制剂的使用会破坏土壤团粒结构、理化性质，使土壤生态环境破坏，促使棉花枯黄病病害发病重，还有抗药性积累、药物残留等一系列问题，造成恶性循环，加大防治难度。
五、合理水肥调控，防止贪青徒长。及时中耕除草，合理水肥调控和调节剂应用，控制棉花陡长。
六、药剂防治。预防和防治枯萎病、黄萎病选用80%乙蒜素、5%氨基寡糖素水剂、腐殖酸铜、黄腐酸盐等；化学药剂可选用辛菌胺醋酸盐等。
（一）常规化学农药防治方法
根据往年枯黄萎病常年发生规律，在发病前或发病初期联合用药防治棉花枯黄萎病，有效减少枯黄萎病为害。
“一控两促”化学防控的思路，具体方法：杀菌剂（控制发病）加营养剂（促生长）加促进型调节剂（促壮苗）。
杀菌剂可选用乙蒜素、70%敌磺钠、3%多抗霉素、36%棉枯净、70%恶霉灵等；
营养剂可选用磷酸二氢钾、黄腐酸钾或其它磷钾肥等；
促进型调节剂可选用芸苔素内酯、复硝酚钠等。
（二）生物菌防治棉花枯黄萎病技术
生物菌对病原菌有拮抗作用同时能够改良土壤、促进作物生长等，在防治棉花枯黄萎病害上具有多重作用方式。
生防菌会产生对病原菌具有杀死作用的物质，如枯草芽孢杆菌、抗生素、细菌素、嗜铁素等代谢产物。施入的生物菌在土壤中会形成优势菌群，迅速占领植物体上一切可能被病原物侵染的位点，竞争枯黄萎病原菌的营养和氧气，使得其无处生存。生防菌可打开植物的次生代谢，产生酚类、黄酮类、生物碱类等，这些物质具有直接杀菌的作用。生防菌可增加植物体内吲哚乙酸、乙烯等生长调节素的生成，增强根尖活力、促进作物的生长发育，间接的提高作物的抗病性。
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